GROMACS

应用介绍

GROMACS是一个用于分子动力学模拟和能量最小化的计算引擎。它可以用分子动力学、随机动力学或者路径积分方法模拟溶液或晶体中的任意分子，进行分子能量的最小化，分析构象等。

Gromacs可以使用CPU和GPU来进行计算，在使用GPU时，单GPU卡的运行效率最高，因此建议使用单卡资源池的GPU进行运算。

使用指南

平台安装有CPU版和GPU版，安装路径分别为/opt/app/gromacs/2019.3和/opt/app/gromacs/2019.3_gpu。

注意

在私有实例中的Gromacs只能单机运行，集群中的Gromacs可以通过Slurm提交作业并行运行。

私有实例

  1. 先申请资源。

提示

Gromacs可能会有多种配置，比如GPU版本或CPU版本，请根据自己所需申请。

  1. 启动完毕后点击“控制台”进入终端。

如果是CPU版本，输入如下命令运行：

$ /opt/app/gromacs/2019.3/bin/gmx_mpi

如果是GPU版本，输入如下命令运行：

$ /opt/app/gromacs/2019.3_gpu/bin/gmx_mpi

集群提交

集群提交需要用到Slurm。Slurm的使用和各参数说明请参见该指南。

  1. 配置输入文件bench_gpu.tpr，

  2. 建立脚本文件

vim gromacs_job.sh

  1. 在脚本文件内添加内容，其中指明输出文件bench_gpu.log，保存：

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#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --cpus-per-task=16
#SBATCH --gres=gpu:1

INPUT=bench_gpu.tpr
OUTPUT=bench_gpu.log
module load app/gromacs/2019.3/gpu
gmx_mpi mdrun -nt ${SLURM_CPUS_PER_TASK} -s ${INPUT} -g ${OUTPUT}

注意

以上脚本示范为GPU版本。

  1. 用sbatch提交脚本。

$ sbatch gromacs_gpu.sh