LAMMPS

应用介绍

LAMMPS 即Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator，大规模原子分子并行模拟器，主要用于分子动力学相关的一些计算和模拟工作。

平台推荐使用CPU集群来运行lammps的计算任务。

使用指南

平台安装有CPU版和GPU版，安装路径为/opt/app/lammps/3Mar20/。

注意

在私有实例中的LAMMPS只能单机运行，集群中的LAMMPS可以通过Slurm提交作业并行运行。

私有实例

  1. 先申请资源。

提示

LAMMPS可能会有多种配置，比如GPU版本或CPU版本，请根据自己所需申请。

  1. 启动完毕后点击“控制台”进入终端。

如果是CPU版本，输入如下命令运行：

$ /opt/app/lammps/3Mar20/lmp_intel_cpu_intelmpi

如果是GPU版本，输入如下命令运行：

$ /opt/app/lammps/3Mar20/lmp_intel_cpu_intelmpi_cuda

集群提交

集群提交需要用到Slurm。Slurm的使用和各参数说明请参见该指南。

  1. 建立脚本文件。

vim lammps_job.sh

  1. 在脚本文件内添加如下内容后保存：

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#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=2
#SBATCH --ntasks-per-node=12

INPUT=bench.in
OUTPUT=bench.out
module load app/lammps/3Mar20/cpu
mpirun -np ${SLURM_NTASKS} \
lmp_intel_cpu_intelmpi -in ${INPUT} -log ${OUTPUT}

注意

以上为CPU版本的脚本示例。

  1. 用sbatch提交脚本。

$ sbatch lammps_job.sh

作业结束后，可以在bench.out中查看输出结果。